云南省除了省城昆明外，其他县份几乎全都叛变。但伊斯兰教徒内部的分裂使他们转胜为败，也使那个当时汉人很少的地区免去像越南一样脱幅而去。到了一八七二年，清政府军攻陷大理城，历时十八年的混战结束。
陕西省伊斯兰教徒的武装力量比较小，但因接近关中（陕西省中部）重镇西安——千余年的故都的缘故，影响却超过云南百倍，清政府军总司令（西安将军）多隆阿，在进攻囗（陕西周至）县城时被击毙，满洲贵族已第一千次的被证明腐败无能，只好改派湖南兵团的另一位汉人将领左宗棠继任。一八六八年，最后一位变民领袖（但他却不是伊斯兰教徒）董福祥投降，历时七年的混战结束。
甘肃省的回变规模最大，从东到西一千二百公里的食之内，跟云南省的情形相同，除了省城兰州外，其他城堡都响应马化龙的号召。左宗棠于解决陕西省的回变之后，即行西征。一八七○年，攻陷金积堡（宁夏吴忠金积镇）。一八七三年，攻陷碾伯（青海乐都·大分裂时代南凉王国的国都）、肃州（甘肃酒泉·大分裂时代北凉王国的国都），历时十二年的混战结束。
八英法联军
焦头烂额的清政府正困于激烈的内战时，又因为过度的愚昧，引起致命的英法联军战争。
中美《望厦条约》上，有十二年期满再行修订的条款，中英《南京条约》却没有。但中英《南京条约》、中法《黄埔条约》却有利益均沾条款，所以也就等于有这个条款。
一八五四年——距中英《南京条约》一八四二年签订，已十二年；距中法《黄埔条约》、中美《望厦条约》一八四四年签订，已十年。英法两国公使向广州两广总督叶名琛要求就修约事宜，举行谈判。清政府那时还没有外交部，对各国的外交事务，不在中央政府所在地的北京处理，而由在广州的两广总督负责，这种畸形的形态，说明清政府的心理，那就是把这种棘手的事推的越远越好。叶名琛是一个传统的腐败老官僚，昏聩颟颥预而又自以为很聪明，他对外国人的态度是，一律拒绝接见，管你是普通商人或代表国家的使节，用以表示他的尊贵和对皇帝的忠贞。法国驻华公使布尔隆（注意到这一点，那时的外国驻中国使节是住在广州的）自一八五二年来中国，到一八五五年回国，四年之间，屡次要求进见叶名琛，都见不到一面。美国驻华公使史派克自一八四六年到一八四八年，自一八五○年到一八五二年，两次共六年之人，也无法见到叶名琛。接替他的新任公使马歇尔于一八五二年到职，请叶名琛指定日期呈递国书，直到一八五四年离任，连个回信都没有得到。
在这种外交形态下，英法修订条约的要求，如果能得到反应，那才是天大的怪事。英法两国公使当然也了如指掌，他们早已洞察到中国官场的伎俩，所以在向叶名琛提出要求，完成这种外交上的例行程序后，就一齐北上，到了天津，向清政府提出，准许两国的使节进驻北京，再准许开放天津跟广州一样成为通商港口。皇帝晏宁看到报告后，气得死去活来，尤其对于外国使节长期驻在北京的一项，认为自从他祖宗创建清王朝以来，还没有听说过比这更荒谬的事。
英法两国发现，除非使用武力，不能达到目的。
用武力必须有一个借口，而借口来了。一八五六年，广东省的巡逻艇在珠江口截住一艘实际上是中国人所有，但在香港注册，挂着英国国旗，名叫亚罗号的船只，逮捕了船上十二个中国人，并把英国国旗拔下丢掉。巡逻艇水兵显然不知道国旗的意义，因为中国那时候还没有国旗。英国领事巴夏礼向叶名琛要求释放那十二个人，并用书面道歉。叶名琛倒是把十二个人释放了，但对道歉的要求好像没有见到一样。于是英舰轰击广州，广州人民在愤怒中纵火焚烧英国商馆，高呼“杀尽蛮夷，不留一人。”英国国内得到消息，舆论激昂。
法国也在焦急的寻找借口，借口也来了。就在同一年（一八五六），法国籍天主教神父马赖在广西西北部荒僻的西林县，被西林县政府的官员当作江洋大盗斩首。法国立即跟英国采取共同行动。
次年（一八五七），英法联军向叶名琛提出最后通牒，要求十日内举行谈判。叶名琛用官场上的特技“推”、“拖”手段应付。十日期限到了，联军攻击，广州陷落，叶名琛被生擒。
——叶名琛跟四世纪淝水战役晋政府的宰相谢安，是从一个模子浇出来的人物，唯一不同的是，叶名深缺少谢安那种好运气。所以谢安在恍恍惚惚中成功，叶名琛却在恍恍惚惚中失败。谢安用郊游和下棋表示他的胸有成竹和从容不迫，叶名琛用的是扶乩拜神和睡大觉。叶名琛被捉住后，英国把他送到印度囚禁，于明年（一八五八）逝世。但恨他误国的一些中国人大却坚持说，他被英国当作一种奇异的动物，装在木宠之中，运到各国展览。其实这种愤怒不见得公平，如果颟顸的官员都要接受这种待遇的话，大黑暗时代中的千千万万官员，包括清政府的皇帝在内，恐怕没有几个不具备被展览的资格。
次年（一八五八），英法联军舰队北上，攻陷大沽，进逼天津。清政府不得不接受修约的原则，由宰相桂良到天津跟随军